Nisu ostali zabilježeni razlozi zašto se ljekarna morala preseliti iz prizemlja samostana, s mjesta na kojem je djelovala nekoliko stoljeća.
Zna se samo da su je redovnici morali premjestiti po odredbi Generalnog vizitatora Reda, koji je 1681. odredio da se ljekarna preseli u neposrednu blizinu samostanske bolnice. Razlog preseljenja, koji se može pretpostaviti, jest činjenica da je to bilo vrijeme obnove franjevačke crkve nakon velikog potresa, pa je kapitularna dvorana, koja se nalazila uz tadašnju ljekarnu, služila kao crkva sve od 1667. do 1684. Moguće je da je stoga dolazilo do određenog miješanja posjetitelja privremene crkve i ljekarne, jer su obje imale ulaze s ulice. Osim toga kapitularna dvorana, koja je imala više kapelica s oltarima, služila je odavno za ukop pokojnika (u kapelici sa sarkofagom prema istoku npr. grob je „de Paulus“ iz 1454.), što također nije bilo spojivo sa sanitarnim pravilima.
Redovnici su odluku o seljenju ljekarne teško prihvatili, ali su je premjestili u Mali klaustar. Bio je to prostor relativno sa strane, kojeg je, za razliku od dotadašnjeg smještaja ljekarne, obuhvaćala samostanska klauzura. Ljekarna zbog klauzure više nije bila dostupna stranim osobama. Imala je stoga sigurno poteškoća s izdavanjem lijekova, jer su ih morali dostavljati posrednici, koji bi zaprimili recept ili narudžbu na određenom mjestu u prizemlju, odlazili u ljekarnu i donosili lijek na isto mjesto. Po svemu sudeći, ovaj „ljekarnički razgovor“ morao se odvijati negdje oko porte, koja je bila upravo na mjestu na kojem se danas nalazi nova ljekarna. Tu u zidu još uvijek postoji djelomično sačuvana „klasična špijunka“, kroz koju se moglo vidjeti sve do Straduna i pratiti tko dolazi u samostan.
Iako ljekarna, smještena u gornjem dijelu samostana, nije bila dostupna građanima, ipak je, kako pokazuju sačuvani dokumenti, i tu dobro poslovala. Na tom mjestu ostala je punih 220 godina. Nova ljekarnička dostignuća, nove odredbe austrijske državne uprave, i drukčije potrebe građana, prisilile su franjevce da ljekarnu presele u dostupnije prostore i prilagode novim prilikama. Učinili su to 1901. uz pomoć velikog dobročinitelja Ignacija Amerlinga, kada je ljekarna premještena u prostor na ulazu u samostan, u kojem još i danas radi.
Fra Stipe Nosić